除了恒生港股通創新藥指數、國證港股通創新藥指數上述兩大指數外，市場主流聚焦港股通醫藥賽道的指數還有中證港股通創新藥指數、恒生港股通醫療保健指數、中證港股通醫藥指數等。

中證港股通創新藥指數與國證港股通創新藥指數類似，覆蓋港股通範圍內50隻創新藥研發及外包服務（CXO）企業，聚焦創新藥全產業鏈。跟蹤該指數的ETF有2隻，平均綜合費率為0.60%/年。

恒生港股通醫療保健指數，精選40隻可通過港股通交易的大型醫療保健企業，權重集中於生物技術與藥品龍頭。跟蹤該指數的ETF有1隻，綜合費率為0.60%/年。

中證港股通醫藥指數，選取港股通內50隻流動性好、市值大的醫藥衛生行業公司，覆蓋製藥、流通、服務等全領域，行業分佈更分散。跟蹤該指數的ETF有4隻，其中港股通醫藥ETF（513200，場外聯接A：018557；C：018558）綜合費率僅0.20%/年，同類產品費率最低，其他3隻產品綜合費率均為0.60%/年；2025上半年該基金收益率為46.20%，居同類產品第一。